Una delle attività istituzionali principali di Arpal riguarda la tutela ambientale delle risorse idriche e dell'ecosistema acquatico.

L'Agenzia esegue monitoraggi per la determinazione dello stato di qualità delle acque interne superficiali (fiumi e laghi), sotterranee (pozzi, sorgenti, acquiferi carsici), di transizione e acque marino costiere.

Sono svolti controlli sulle acque reflue che, dopo essere state utilizzate nei processi industriali e civili, sono immesse nei corpi idrici superficiali: devono rispettare i limiti degli inquinanti indicati lla normativa vigente.

Nell’ambito della prevenzione collettiva, l'Agenzia controlla le acque destinate alla balneazione, nonchè le acque potabili e minerali, anche con campionamenti diretti alla fonte e con misure di radioattività.

Si tratta di uno degli impegni "storici" della rete laboratoristica Arpal, svolto secondo il protocollo riportato nella DGR n. 505/11.